Sau khi Jefferson qua đời vào ngày 04 tháng 7 năm 1826, người duy nhất kế thừa Monticello chính là con gái của ông Jefferson Martha Randolph. Nhưng do gặp vấn đề về tài chính trong gia đình mình vì bệnh tâm thần của chồng nên năm 1831, bà bán Monticello cho James Turner Barclay, một người bào chế thuốc địa phương. Sau đó, Barclay đã bán nó cho Uriah P. Levy vào năm 1834, vị phó đề đốc Do Thái đầu tiên (tương đương với đô đốc ngày nay) trong Hải quân Hoa Kỳ. Levy là một người Mỹ gốc Do Thái thế hệ thứ năm có gia đình định cư tại Savannah, tiểu bang Georgia và là người rất ngưỡng mộ Jefferson. Ông đã sử dụng các quỹ tư nhân của mình để sửa chữa, phục hồi và bảo tồn ngôi nhà. Trong cuộc nội chiến Mỹ, ngôi nhà đã bị chính phủ miền Nam tịch thu bởi vì nó đã thuộc sở hữu của một sĩ quan chính phủ miền Bắc. Sau cuộc chiến tranh, Uriah Levy phục hồi lại Monticello.

Hình ảnh Monticello trên mặt trái của tờ 2 đô la năm 1953. Trên đó có hình ảnh hai con "sư tử" ở hai bên lối vào. Những con sư tử được đặt ở đó bởi Jefferson Levy, đã được gỡ bỏ vào năm 1923 khi Quỹ Thomas Jefferson mua lại.

Những người thừa kế của Uriah P. Levy đã tranh chấp tài sản này nhưng các vụ kiện tụng của họ đã được giải quyết vào năm 1879, sau khi Jefferson Monroe Levy, một luật sư nổi tiếng ở New York, đồng thời là một người đầu cơ cổ phiếu và bất động sản, nghị sĩ Hạ viện Hoa Kỳ và là cháu trai của Uriah Levy đã mua đứt tài sản này từ những người thừa kế khác với giá 10.050 $. Cũng giống như chú của mình, ông cũng đã sửa chữa, phục hồi và bảo quản Monticello. Ông cùng với chú của mình đã bảo vệ tài sản quốc gia Monticello cho người dân Mỹ trong suốt gần 100 năm.

Năm 1923, một tổ chức phi lợi nhuận có tên là Quỹ Thomas Jefferson với ngân quỹ do Theodore Fred Kuper và những người khác đóng góp, đã mua ngôi nhà từ Jefferson Levy. Họ đã thành công trong việc phục chế bổ sung theo chỉ đạo của các kiến ​​trúc sư như Fiske Kimball và Milton L. Grigg.[6]Quỹ cho Monticello hoạt động như là một nhà bảo tàng và cơ sở giáo dục. Du khách có thể xem các căn phòng ở tầng hầm và tầng trệt, nhưng các tầng thứ hai và thứ ba không mở cửa cho công chúng để đề phòng cháy nổ. Du khách có thể tham quan tầng thứ ba (Dome) chỉ khi theo một cuộc tham quan đặc biệt.[7]Monticello là một địa điểm lịch sử quốc gia. Đây không chỉ là dinh thự của một vị tổng thống nổi tiếng trong lịch sử Hoa Kỳ mà còn là một di sản thế giới của UNESCO. Bao gồm trong đó là cơ sở ban đầu và các tòa nhà của Đại học Virginia do Jefferson thiết kế. Từ 1989 đến 1992, một nhóm các kiến trúc sư từ Viện khảo sát tòa nhà lịch sử của Mỹ (HABS) của Hoa Kỳ đã tạo ra một bộ sưu tập các bản vẽ đo Monticello. Những bản vẽ này được lưu giữ ở Thư viện Quốc hội.

Trong số các thiết kế khác của Jefferson là dinh thự Poplar Forest, nơi nghỉ tĩnh tâm riêng của mình gần Lynchburg, mà ông dự định cho con gái Maria của ông, người qua đời ở tuổi 25, Đại học Virginia, Tòa nhà Đại hội đồng bang Virginia(Virginia State Capitol) ở Richmond.